修改bam文件的样本信息(header+read group)

suqingdong

查看header

1. samtools view -H input.bam

复制代码

1 使用samtools

1. SM=NEW
   
2. PU=NZTD181000964_HWHTJCCXY_L7
   
3. ID=${SM}_${PU}
   
4. LB=$SM
   
5. 
   
6. samtools addreplacerg \
   
7.         -r "@RG\tID:$ID\tCN:novogene\tLB:$LB\tPL:illumina\tPU:$PU\tSM:$SM" \
   
8.         -o output.bam \
   
9.         input.bam
   
10. 
    
11. samtools reheader \
    
12.         -P \
    
13.         -i output.header \
    
14.         output.bam > output.new.bam
    

复制代码

2 使用picard

1. SM=NEW
   
2. PU=NZTD181000964_HWHTJCCXY_L7
   
3. ID=${SM}_${PU}
   
4. LB=$SM
   
5. 
   
6. java -jar picard.jar AddOrReplaceReadGroups \
   
7.         I=input.bam \
   
8.         O=output.picard.bam \
   
9.         RGID=$ID \
   
10.         RGCN=novogene \
    
11.         RGLB=$LB \
    
12.         RGPL=illumina \
    
13.         RGPU=$PU \
    
14.         RGSM=$SM
    
15. 
    
16. java -jar picard.jar ReplaceSamHeader \
    
17.         I=output.picard.bam \
    
18.         O=output.picard.new.bam \
    
19.         HEADER=output.header
    

复制代码

来自群组: 诺禾疾病信息小组