“不同版本参考基因组比较”的版本间的差异
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2020年4月16日 (四) 03:13的版本
目录
目前我们使用的参考基因组是GRCH37的升级版g1k b37,简称b37
b37与hg19、GRCH37、GRCH38的区别:
hg19 vs GRCH37 vs b37
hg19来自UCSC,GRCH37来自NCBI,而我们使用的实际是GRCH37的升级版g1k b37,简称b37
GRCH37 vs b37
b37是GRCH37的升级版,在GRCH37基础上增加了一些scaffold(人的序列,但是还没有组装定位到具体的位置),一条病毒序列(疱疹病毒),一条decoy序列(hs37d5,来自BAC或者质粒克隆等,没有具体的变异检测的作用,增加比对率),并且在Y染色体上把X,Y染色体的同源区mark 成了N。
hg19 vs b37
hg19与b37的坐标系统一样,1-X,Y染色体一模一样。区别是(不考虑scaffold的区别): - 线粒体有差别(版本不一样,b37用的是修正版的NC_012920,而hg19是老版的NC_001807) - UCSC参考基因组中有大小写碱基,小写表示在repeat区(Repeats from RepeatMasker and Tandem Repeats Finder) - 染色体编号表示不同,hg19带有chr,b37直接是染色体编号
GRCH37 vs GRCH38(hg38)
GRCH38是GRCH37的升级版,具体区别可参考下面的网址:http://www.doc88.com/p-9512305171300.html
以下是各基因组之间不同与相同的说明网址,可供参考
https://wiki.dnanexus.com/Scientific-Notes/human-genome
受尽苦难而不厌,此乃阿修罗之道。 2020年4月16日 (四) 05:13 (CEST)
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